Dış Kaynaklı Proje Süreçleri Yönetim Sistemi
Matur F. (Yürütücü), Bozaykut eker P., Yanchukov O., Baykal köse S.
Genetik bilginin organize edilmiş bir şekilde düzgün ayrılması ve dağıtılması için kopyalanan kromozomların mitoz sırasında kapsamlı yapısal yeniden düzenlenmesi, sıkıştırılması ve çözülmesi gerekir. Onarılamaz DNA hasarları ve/veya bu süreçte görevli genlerde sürecin düzgün işlemesine engel olacak bir mutasyonun gerçekleşmesi canlının uyum gücünü düşürme veya artırma potansiyelindedir. Geçtiğimiz on yıl içinde, genetik ve biyokimyasal yaklaşımlardan gelen verilerde, kohezin ve kondensin protein kompleksleri hem kromozom paketlenmesi ve ayrışmasında hem de kromozom anomalilerinin yoğun olduğu kanser türlerinde kilit oyuncular olarak tanımlanmıştır. Bu kompleksler hemen hemen tüm canlılarda evrimsel olarak korunmuş olup mayoz/mitoz bölünme, gen ekspresyonunun düzenlenmesi ve DNA onarımında da önemli rol oynadıkları bilinmektedir.
Bu proje kapsamında kullanılacak Muridae familyasına ait körfare türü Nannospalax xanthodon, çok sayıda kromozomal form/sitotipe sahip olmaları ve gösterdikleri kanser direnci sayesinde hedef proteinler üzerindeki seleksiyonun gösterilmesidir. Özetle projede; kohezin ve kondensin kodlayan genlerin üzerindeki seçilim yönünün ortaya konulması, amaçlanmıştır. Bu amaçla eş zamanlı yürütülecek iki ayaklı bir çalışma yöntemi kurgulanmıştır.; farklı kromozom sayısına sahip hayvanların bulunduğu farklı lokalitelerden toplanacak Nannospalax sp. ve kontrol olarak Microtus sp. örneklerinden doku eldesi ve çalışılması Kohezin ve kondensin yapılarına ait gen dizilerinin varyasyonları (hedefli sekanslama yöntemi), proteinlerinin ekspresyon farklılıklarını (Western blot yöntemi) ortaya konulması planlanmıştır. Ayrıca seleksiyonun yönünü doğru olarak göstermek,verilerin güvenirliliğini arttırmak için israil körfarelerinde daha önce yapılmış çalışmalarla pozitif seleksiyon olduğu gösterilen genler de kullanılacaktır. Böylelikle sonuçların yorumlanmasında keskinlik arttırılacaktır. Çalışma ile hem gen dizilieri hem de gen ekspresyon seviyeleri control türü ve genleri kullanılarak körfarelerde karşılaştıralcaktır. Böylelikle Kromozomal yeniden düzenlenmede, mitozda, mayozda ve hatta kanser çalışmalarında son yıllarda önem kazanan bu gen gruplarında seleksiyon olup olmadığı ortaya konulacağı gibi ilk defa farklı sitotipler arasında karşılaştıralacaktır.
Nannospalax sp.’in model organizma olarak kullanılmasının önünü açacak karşılaştırma çalışmalarının bulunmayışı ve bu karşıtlaştırmanın kromozom sayısı çeşitli bir türde yapılması; özellikle kohezin/kondensin komplekslerinin organizmadaki rollerini açığa çıkarmaya yönelik çalışmaları başlatacak bilginin eksikliği, projenin özgün değerini oluşturmaktadır. Proje, DEÜ Fen Fakültesi Biyoloji Bölümünden Ferhat Matur (Biyolog) tarafından yürütülecektir. Seda Baykal (İYTE-postdok, Biyolog) araştırmacı olarak katılacaktır. Alexey Yanchukov (Biyolog, ZBEÜ) ve Perinur Bozaykut Eker (Acıbadem Ü, Biyolog) danışman olarak katılacaktır. Bir doktora ile bir yüksek lisans öğrencisi de bursiyer olarak katılacaktır. Proje çıktılarının memeli biyolojisi, doğal seçilim, moleküler evrime katkı sağlayacağı gibi devam projelerinde ise DNA hasarı ve kanser biyolojisine katkı sağlayacak projeler öngörülmektedir. Böylelikle hem devam projeleri hem de yayınlarla yaygın etki artırılacaktır.